Весеннее половодье представляет реальную угрозу здоровью населения, поскольку происходит временное сезонное ухудшение качества воды из-за того, что в источники водоснабжения могут поступить химические, органические и биологические загрязнения.

В большинстве муниципалитетов Республики Алтай обеспечение населения доброкачественной питьевой водой осуществляется из подземных источников централизованного водоснабжения (скважины с разводящей и без разводящей сети).

В целях обеспечения стабильной санитарно-эпидемиологической обстановки среди населения, организациям, эксплуатирующим объекты водоснабжения и водоотведения, перед паводком рекомендуется провести проверку санитарно-технического состояния водопроводных и канализационных сооружений и сетей, провести работы по очистке и благоустройству территорий водозаборных сооружений, обеспечить объекты водоснабжении и канализации достаточным количеством реагентов и обеззараживающих средств, соблюдать технологический режим обработки и обеззараживания питьевой воды, обеспечить соблюдение производственного контроля, а также технологии очистки и обеззараживания сточных вод.

Кроме того, население Республики Алтай для питьевых нужд, помимо воды из централизованных систем водоснабжения, использует воду из нецентрализованных источников - родников и каптажей. 
Родники и колодцы ненадежны в эпидемиологическом отношении, так как питание таких источников происходит, в основном, из незащищенных, расположенных рядом с поверхностью водоносных горизонтов, и качество воды в них во многом зависит от сезона года, от оборудования самого источника и от санитарного состояния прилегающей территории. Воды из родников и каптажей не защищены от химического и микробиологического загрязнения. В паводковый период и период таяния снега вода в них может загрязняться различными примесями и возбудителями инфекционных заболеваний. Поэтому при употреблении воды из родников и колодцев, особенно в паводковый период, также необходимо перед использованием проводить ее обеззараживание (одним из наиболее доступных способов обеззараживания воды является кипячение).