Лаборатория бактериологических и паразитологических исследований и обособленные структурные подразделения в с. Усть-Кокса и с. Кош-Агач являются структурными подразделениями санитарно-микробиологической лаборатории Испытательного лабораторного центра ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Республике Алтай» и аккредитованы на техническую компетентность и независимость Федеральной службой по аккредитации и соответствует критериям аккредитации. Компетентность лаборатории подтверждалась  участием в Аккредитации в июле 2013 г.; Инспекционным  контролем в июне 2014 г.; процедуре  подтверждения компетентности и расширения области аккредитации в июле 2015 г., процедуре подтверждения компетентности и расширения области аккредитации в июле 2017 г.; подтверждении  компетентности и расширения области аккредитации в июле 2018 г.

Лабораторией проводятся санитарно-бактериологические исследования объектов внешней среды: воды питьевой  централизованного и нецентрализованного водоснабжения, воды плавательных бассейнов, поверхностных водных объектов, сточной воды; почва, песок; продовольственное сырье и пищевые продукты; парфюмерная косметическая продукция; смывы; воздух помещений; лекарственные формы; материал на стерильность; контроль работы паровых и суховоздушных стерилизаторов и бактериологические исследования материала от людей.

Одним из главных направлений бактериологических исследований является обнаружение санитарно - показательных микроорганизмов  (КМАФАнМ – количество мезофильных аэробных и факультативно-анаэробных микроорганизмов; БГКП (колиформные бактерии) – бактерии группы кишечной палочки; энтерококки; кишечные бактериофаги (колифаги),  условно-патогенных (к которым относятся: Е. coli, S. aureus, бактерии рода Proteus, В. cereus и сульфитредуцирующие клостридии; ) и патогенных микроорганизмов (в т.ч. сальмонеллы, Listeria monocytogenes, бактерии рода Yersinia;).

Актуальным является  определение остаточных количеств антибиотиков в продуктах животноводства и изучение резистентности выделенных штаммов к антибиотикам. В связи с использованием антибиотиков в сельском хозяйстве для стимуляции роста, повышения эффективности откорма скота и птицы, а также в качестве лечебно-профилактических средств в пищевых продуктах, полученных от этих животных, в ряде случаев содержатся остатки антибиотиков. Длительное использование в пищу продуктов, содержащих остаточные количества антибиотиков может вызвать неблагоприятные для здоровья человека последствия - аллергические реакции, дисбактериоз, образование и передачу резистентных форм микробов. Для проведения исследований на определение остаточных количеств антибиотиков в продуктах животноводства в лаборатории проводятся работы по внедрению соответствующих методик. В 2018 г. культуры патогенных микроорганизмов, выделенных из пищевых продуктов были отправлены в Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора г. Москва для изучения антибиотикорезистентности штаммов.

Следует отметить, что в настоящее время,  не теряет своей актуальности проблема связанная с оказанием медицинской помощи (ИСМП), она неразрывно связана с формированием и широким распространением госпитальных штаммов возбудителей ИСМП, обладающих тотальной резистентностью к антибиотикам и дезинфицирующим средствам, что существенным образом влияет на качество лечения пациентов и эффективность профилактических мероприятий.

Выявление таких микроорганизмов поможет предупредить распространение инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи (ИСМП). В настоящее время в лаборатории проводятся работы по внедрению соответствующей методики для оценки чувствительности микроорганизмов к дезинфицирующим средствам, циркулирующих в лечебных организациях (МУ 3.5.1.3439-17 «Оценки чувствительности к дезинфицирующим средствам микроорганизмов, циркулирующих в лечебных организациях»).